San Juan, "el discípulo amado", autor del Cuarto Evangelio, tres Cartas, y el Apocalipsis. Pescador de Betsaida, hijo de Zebedeo, hermano de Santiago, discípulo del Bautista y apodado "hijo del trueno", participó con Pedro y Santiago de los episodios más significativos de la vida de Jesús, y en la Última Cena recostó su cabeza en el pecho del Señor. Estuvo con María "junto a la cruz" (Jn. 19, 25-27), y fue testigo junto a Pedro del sepulcro vacío: "vio y creyó" (Jn. 20, 8).

Durante la historia de la Cofradía, ya son tres las imágenes de San Juan que esta tiene en su patrimonio. El primero de ellos fue sustituido en 1961 por el que realizara el escultor Granaino Nicolás Prados López, y fue el que ha salido en procesión  cada Jueves Santo hasta el año 1997, año en el que fue sustituido por el actual.

La imagen del apóstol San Juan es obra del escultor murciano José Antonio Hernández Navarro. En ella el artista representa a un joven imberbe, que con su mano derecha señala a la Virgen el lugar donde se encuentra su Hijo. En su mano izquierda sostiene una palma.

Tiene como emblema el águila, que simboliza la espiritualidad de sus escritos, y la palma, que no es la del martirio, sino la del Paraíso, aquella que un ángel le llevó a la Virgen, y que esta, en su lecho de muerte, le confió a San Juan.

San Juan Evangelista es considerado el patrón de la juventud cofrade, ya que fue el más joven de los discípulos de Jesús. Su festividad se celebra el 27 de diciembre.